蛋白質(zhì)組學(xué)種類

蛋白質(zhì)組學(xué)分析是組學(xué)研究的一種，組學(xué)分析主要可以分為以下幾種：

可能發(fā)生什么：基因組、轉(zhuǎn)錄組

正在發(fā)生什么：蛋白組

已經(jīng)發(fā)生了什么：代謝組

蛋白組學(xué)分析手段

定性：樣本中都含有哪些蛋白，這些蛋白分別是什么

定量：包括Label free/iTRAQ/TMT/SILAC/DIA等方法，研究的目的是同一蛋白在不同樣本含量誰高誰低

翻譯后修飾

除了定性和定量分析外，有些疾病或處理可能并沒有導(dǎo)致蛋白本身的表達(dá)水平發(fā)生變化，而是翻譯后修飾導(dǎo)致的，主要的研究方向有：

翻譯后修飾：磷酸化、乙?；⒎核鼗?、甲基化

此外，還可以通過PRM/WB/ELISA靶向驗(yàn)證前期試驗(yàn)獲得的數(shù)據(jù)是否可靠 (在沒有抗體時(shí)可以使用PRM)。

定性和定量分析是蛋白組學(xué)最常用的分析手段。

蛋白質(zhì)組學(xué)的流程

01蛋白質(zhì)提取：樣本處理(液氮研磨、二氧化碳研磨、超聲破碎等)，蛋白抽提、定量(Bradford、BCA法)、SDS-page跑膠等。

02肽段分析：蛋白酶解、肽段抽提及純化。(修飾類的蛋白在總蛋白中的占比較低，因此組學(xué)需在肽段提取好之后增加一步富集(磷酸化、泛素化、修飾化)

03LC-MS：肽段進(jìn)行一維色譜分離分級(級數(shù)可選)、質(zhì)譜上級進(jìn)行電離、分離、能量碰撞后獲得試驗(yàn)碎片信息離子

04樣本信息：對質(zhì)譜試驗(yàn)所獲得的碎片離子進(jìn)一步分析，還原出待測樣本的肽段和蛋白的具體信息。

得到原始數(shù)據(jù)后，需要對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)控，然后通過與參考基因組進(jìn)行比對，進(jìn)行組裝和注釋，最后才可以進(jìn)行一系列分析。

組學(xué)分析的展示形式

熱圖：Heatmap通過聚類把表達(dá)模式相同的聚集到一起，通過顏色的深淺變化，直觀體現(xiàn)每個(gè)蛋白在不同樣品中的表達(dá)情況。

維恩圖：

在得到差異表達(dá)的基因后，可以通過KEGG、GO等數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析，選定要研究的通路或功能相關(guān)的蛋白。

常用的蛋白組學(xué)研究相關(guān)數(shù)據(jù)庫

Uniprot數(shù)據(jù)庫

Ensembl數(shù)據(jù)庫

KEGG數(shù)據(jù)庫

GO等數(shù)據(jù)庫

數(shù)據(jù)分析后的驗(yàn)證

在得到自己想要的差異基因后，還需要通過QPCR、WB、ELISA、免疫組化的方式對分析的結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證。

但是由于存在轉(zhuǎn)錄后調(diào)控、 蛋白質(zhì)翻譯水平調(diào)節(jié)和蛋白質(zhì)降解等現(xiàn)象，轉(zhuǎn)錄水平的變化和蛋白水平的變化未必能完全對應(yīng)，因此QPCR不是最有效的驗(yàn)證方式。

菲優(yōu)特檢測可提供蛋白、細(xì)胞等領(lǐng)域的服務(wù)，涵蓋蛋白純化表達(dá)、蛋白質(zhì)免疫印跡(Western Blot，即 WB)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)、細(xì)胞毒性實(shí)驗(yàn)、細(xì)胞增殖與活性檢測等，為客戶提供“可靠、高效、準(zhǔn)確”的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，致力于讓所有的科研工作者都做“忘憂之人”!如您有相關(guān)項(xiàng)目的檢測需求，請直接聯(lián)系工程師 在線咨詢 獲取檢測文檔及報(bào)價(jià)單或撥打服務(wù)熱線 400-850-6066